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首先，存储文章这种非结构化数据不太适合用 mysql，建议换一个 nosql 的数据库。
其次，全文搜索如果你想自己搞，大体原理是分词、统计词频、建立索引，这样每次只需要查找索引就行了，会快很多。当然也有成熟的工具，比如开源的 ElasticSearch，很多公司都在用。
想要效果更好，可以来个 NLP + 协同过滤做混合推荐，牛逼哄哄，做到这一步大厂会花百万年薪挖你。
最后，存在文件里是不可能的，磁盘物理操作效率太低。骚年，这种方式在你出生之前就淘汰了。