阿里云ClickHouse企业版技术原理大揭秘

bashendan
发布于 2023-10-26 15:02
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07ClickHouse企业版收益

在ClickHouse企业版中,SharedMergeTree表引擎是ReplicatedMergeTree表引擎的更高效的替代品。为ClickHouse企业版用户带来以下好处:


无缝集群扩展


ClickHouse企业版将所有数据存储在存储量几乎无限的共享存储中。SharedMergeTree表引擎为所有表添加了共享的元数据存储。它实现了在该存储之上运行的节点几乎无限的扩展。服务器实际上是无状态的计算节点,我们可以立即改变它们的规格和数量,如下示例:

假设ClickHouse企业版用户当前正在使用三个节点,如下图所示:

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通过简单地(手动或自动)将每个节点的大小翻倍,或者根据实例负载,将节点数量从三个翻倍到六个,用户可以实现计算能力的翻倍:

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同时也会使写入吞吐量翻倍。对于SELECT查询,增加节点数会增加并发查询能力,以及单个查询的并发执行。请注意,在ClickHouse企业版中增加(或减少)节点的数量不需要进行物理数据resharding或rebalancing,我们可以自由地添加或删除节点。而在shared-nothing架构下的集群中更改节点数量需要更多的工作和时间。如果一个集群当前由三个分片,每个分片由两个副本组成:

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然后翻倍分片数量需要对当前存储的数据进行resharding和rebalancing:

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插入操作的效率收益


对于开源ReplicatedMergeTree,需要使用insert_quorum设置来确保数据的持久性,可以配置插入的数据仅在指定数量的副本上持久化好时返回给发送者。对于SharedMergeTree,不需要insert_quorum。如上所示,当插入成功返回给发送者时,查询的数据将存储在高可用的共享存储中,并且元数据集中存储在Keeper中。


更轻量级的强一致性Select查询


如果您的使用场景对每个节点都返回相同的查询结果有一致性保证的要求,则可以运行SYNC REPLICA系统语句,这在SharedMergeTree中是一个更轻量级的操作。每个节点不需要在节点之间同步数据,只需从Keeper中获取当前版本的元数据即可。


集群吞吐和查询效率的线性提升


通过SharedMergeTree,增加更多的节点不会导致性能下降。在Keeper资源充足的情况下,后台合并的吞吐量随着节点数量的增加而增加。对于显式触发的mutation(默认情况下为异步执行合并)也是如此。

这对于ClickHouse中的其他新功能具有积极的影响,例如SharedMergeTree为Lightweight Update提供了性能提升。同样地,特定引擎的数据转换(AggregatingMergeTree的聚合,ReplacingMergeTree的去重等)也受益于 SharedMergeTree能够提供更好的合并吞吐量。这些转换在后台Parts合并过程中逐步应用。为了确保查询结果的正确性,用户需要在查询时通过使用FINAL修饰符或使用带有显式GROUP BY子句来合并还未合并的数据。在这两种情况下,更高的合并吞吐量都会加速查询的执行速度。因为此时查询所需要进行的数据合并工作较少。

08SharedMergeTree引擎的兼容性

SharedMergeTree表引擎现在已经作为ClickHouse企业版中默认的表引擎。ClickHouse企业版支持的MergeTree家族中的所有特殊表引擎,并都会自动基于 SharedMergeTree进行更新。

例如,当您创建ReplacingMergeTree表时,ClickHouse企业版将在后台自动创建一个SharedReplacingMergeTree表:

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09SharedMergeTree的实际应用对比

在本节中,我们将展示SharedMergeTree的无缝写入性能扩展能力。


测试配置


在我们的测试case中,我们将2022年前六个月的WikiStat数据集加载到ClickHouse企业版中的一张表中。为此,ClickHouse需要从大约4300个压缩文件(一个文件代表一天的一个小时)中加载约260亿条记录。我们使用了四种不同数量节点的配置。每个节点都有 30 个 CPU和 120 GB 内存:

  • 3 个节点
  • 10 个节点
  • 20 个节点
  • 80 个节点

请注意,前两个集群配置都使用了一个3节点ClickHouse Keeper服务,每个节点有3个CPU和2 GB内存。对于 20 个节点和 80 个节点的配置,我们将Keeper的大小增加到每个节点有 6 个 CPU和6 GB内存。在数据加载运行期间,我们监控了Keeper,以确保Keeper的资源不是瓶颈。


测试结论


Shared*MergeTree并行使用的节点数量越多,期望数据加载速度越快,同时每个时间单位内创建的Parts也越多。为了实现SELECT查询的最大性能,有必要尽量减少处理的Parts数量。为此,每个MergeTree表引擎在后台不断将Parts合并成更大的Parts。每个表的默认健康Parts数量(表分区)是 3000 个(之前是 300 个)

因此,我们测量了从开始加载数据起,到在数据写入完成,整个期间创建的Parts合并到少于 3000 个的健康数量所花费的时间。为此我们使用系统表上的SQL查询来监控活动Parts随时间的变化。

请注意,同时我们还选择了shared-nothing架构下的ReplicatedMergeTree表引擎进行写入参照。如上所述,这个表引擎并不适合支持高数量的副本节点。以下图表显示了将所有Parts合并为少于 3000 个健康Parts所花费的时间(以秒为单位)

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SharedMergeTree 支持无缝的集群扩展。我们可以看到,在我们的测试中,后台合并的吞吐量与节点数量呈线性关系。当我们将节点数量从 3 增至 10 时,吞吐量也将增加三倍左右。当我们将节点数量再次增加 2 倍至 20,然后增加 4 倍至 80 时,吞吐量也分别增加了约两倍和四倍。正如预期的那样,使用ReplicatedMergeTree 在随着副本节点数量的增加时无法很好地扩展(甚至在较大的集群大小下会减少写入性能),而SharedMergeTree则随着副本节点数量的增加而获得更好的扩展。因为它的复制机制不适用于处理大量副本的情况。为了完整起见,下图显示了将Parts合并少于 300个所花费的时间。

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不同节点数详细结果对比


▶︎ 3 个节点

下图可视化了在具有3个副本节点的集群上进行基准测试,期间活动Parts的数量,成功加载数据所花费的秒数(见Ingest finished标记),以及在将Parts合并到少于3000 和 300 个活动Parts时所花费的秒数:我们可以看到两种表引擎的性能在这里非常相似。

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我们可以看到两种表引擎在数据加载期间执行的合并操作的数量大致相同:

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▶︎ 10 个节点

在10 个节点的集群中,我们可以看到一些不同之处:

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写入时间的差异只有 19 秒。然而,当写入完成时,两种表引擎活动Parts的数量是非常不同的。对于使用ReplicatedMergeTree,该数量要多三倍以上。并且将Parts合并到少于 3000 和 300 个活动Parts所花费的时间也要多两倍。这意味着我们可以更早地通过SharedMergeTree获得更快的查询性能。当写入完成时,大约 4 千个活动Parts的数量仍可以进行查询。而大约1万5个数量级时,则是不可行的。

对于从WikiStat数据集写入约 260 亿行的任务,这两种引擎都会创建大约2万3千个初始Parts,每个部分大小约为 10 MB,包含大约 100 万行数据:

WITH
    'default' AS db_name,
    'wikistat' AS table_name,
    (
        SELECT uuid
        FROM system.tables
        WHERE (database = db_name) AND (name = table_name)
    ) AS table_id
SELECT
    formatReadableQuantity(countIf(event_type = 'NewPart')) AS parts,
    formatReadableQuantity(avgIf(rows, event_type = 'NewPart')) AS rows_avg,
    formatReadableSize(avgIf(size_in_bytes, event_type = 'NewPart')) AS size_in_bytes_avg,
    formatReadableQuantity(sumIf(rows, event_type = 'NewPart')) AS rows_total
FROM clusterAllReplicas(default, system.part_log)
WHERE table_uuid = table_id;
┌─parts──────────┬─rows_avg─────┬─size_in_bytes_avg─┬─rows_total────┐
│ 23.70 thousand │ 1.11 million │ 9.86 MiB          │ 26.23 billion │
└────────────────┴──────────────┴───────────────────┴───────────────┘

大约2万3千个初始Parts均匀分布在这 10 个副本节点上:

WITH
    'default' AS db_name,
    'wikistat' AS table_name,
    (
        SELECT uuid
        FROM system.tables
        WHERE (database = db_name) AND (name = table_name)
    ) AS table_id
SELECT
    DENSE_RANK() OVER (ORDER BY hostName() ASC) AS node_id,
    formatReadableQuantity(countIf(event_type = 'NewPart')) AS parts,
    formatReadableQuantity(sumIf(rows, event_type = 'NewPart')) AS rows_total
FROM clusterAllReplicas(default, system.part_log)
WHERE table_uuid = table_id
GROUP BY hostName()
    WITH TOTALS
ORDER BY node_id ASC;
┌─node_id─┬─parts─────────┬─rows_total───┐
│       1 │ 2.44 thousand │ 2.69 billion │
│       2 │ 2.49 thousand │ 2.75 billion │
│       3 │ 2.34 thousand │ 2.59 billion │
│       4 │ 2.41 thousand │ 2.66 billion │
│       5 │ 2.30 thousand │ 2.55 billion │
│       6 │ 2.31 thousand │ 2.55 billion │
│       7 │ 2.42 thousand │ 2.68 billion │
│       8 │ 2.28 thousand │ 2.52 billion │
│       9 │ 2.30 thousand │ 2.54 billion │
│      10 │ 2.42 thousand │ 2.68 billion │
└─────────┴───────────────┴──────────────┘
Totals:
┌─node_id─┬─parts──────────┬─rows_total────┐
│       1 │ 23.71 thousand │ 26.23 billion │
└─────────┴────────────────┴───────────────┘

但是SharedMergeTree引擎在数据加载过程中更有效地合并了这些部分:

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▶︎ 20 个节点

当20个节点并行插入数据时,使用ReplicatedMergeTree无法应对每单位时间内新创建的Parts数。

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尽管ReplicatedMergeTree在SharedMergeTree之前完成了数据插入过程,但活动parts的数量仍然持续增加到约 1 万个左右。因为ReplicatedMergeTree引擎仍然在复制队列中有需要在这 20 个节点之间进行复制的insert操作。通过这个查询我们获取了在复制队列中的insert数。处理该队列花费了将近 45 分钟。20 个节点每单位时间创建大量新的Parts会导致复制日志上的竞争过于激烈,并且锁和节点间通信的开销过高。减轻这种情况的方法是通过手动调整插入查询的一些设置来限制新创建部分的数量。例如,您可以减少每个节点的并行插入线程数(max_insert_threads),并增加写入每个新Parts的行数(min_insert_block_size_rows)。需要注意的是,后者会增加内存使用。

需要注意的是,测试运行期间Keeper的负载并未过载。以下截图显示了两种表引擎的Keeper的CPU和内存使用情况:

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▶︎ 80 个节点

在我们的 80 个节点集群中,我们只将数据加载到一个SharedMergeTree表中。我们已经在上面解释了使用ReplicatedMergeTree并不适用于更高的副本节点数的场景。

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插入 260 亿行的过程在 67 秒内完成,平均速度为每秒 3.88 亿行。

10Lightweight Update

SharedMergeTree是云原生服务的一个重要基础组成。它使我们能够在以前无法或过于复杂实现的情况下构建新的功能和改进现有功能。许多功能从SharedMergeTree的架构下受益,使ClickHouse企业版性能更强、更易用和高持久性。其中一个特性就是“Lightweight Update” :一种可以在使用更少资源的情况下立即使 ALTER Update 查询的结果实时可见的优化。


开源版本update操作重且效率低


ClickHouse中的ALTER TABLE … Update是通过mutation来实现的。mutation是一个重型操作,可以同步或异步地重写Parts。

▶︎ 同步mutation

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在我们上面的示例情况中,ClickHouse ①接收一个对空表的插入操作,②将插入的数据以新的Part写入存储中,并③确认插入。接下来,ClickHouse ④接收一个更新操作并通过⑤ mutate Part-1来执行该操作。该Part被加载到内存中,执行修改,修改后的数据被写入和存储到新的 Part-2中(Part-1 被删除)。只有在该Part重写完成时,才会将⑥对更新操作的确认返回到更新的发起者。其他更新(或删除数据)也以相同的方式执行。对于较大的Part,这是一个非常重的操作。

▶︎ 异步mutation

默认情况下,为了将几个收到的更新融合到单个mutation中,更新操作是异步执行的,以减轻重写Parts对性能的影响:

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当ClickHouse ①接收到更新操作时,更新会被添加到队列中并异步执行,②更新查询立即获得更新的确认。

请注意,在更新被后台的mutation物化之前,表中的SELECT操作不会看到更新的数据⑤。

此外,注意ClickHouse可以将排队的更新融合到单个Part重写操作中。因此,最好的做法是批量更新,并通过单个查询发送数百个更新操作。 


企业版Lightweight Update轻量操作且实时性高


▶︎ 更新机制

Lightweight update不再需要显式地对更新查询进行批处理,从用户的角度来看,即使在mutation异步物化时,来自单个更新操作的修改也会立即成功。下图描述了 ClickHouse 中的轻量级即时更新机制:

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当ClickHouse ①接收到更新操作时,更新会被添加到队列并异步执行。②此外,将更新操作的表达式会放入内存中。同时更新操作也存储在 Keeper上,并分发到其他节点。当③ ClickHouse 在更新还未通过Parts重写和物化之前接收到 SELECT 查询时,ClickHouse 将按照通常的方式执行 SELECT 查询 - 使用primary index来减少需要从Parts流到内存的数据集合,然后在流式传输的数据集合上应用来自②的更新数据。这就是我们称之为 on [the] flymutation的机制。当④另一个更新操作被 ClickHouse 接收时,⑤查询的更新(这次是删除)表达式再次保存在内存中,然后⑥后续的 SELECT 查询将被执行,通过将(② 和 ⑤)更新表达式应用于流式传输的数据集合上。当 ⑦ 所有排队的更新都通过下一个后台mutation物化到parts上时,on-the-fly 更新表达式将从内存中删除。⑧新接收的更新操作和⑩SELECT 查询将按照上述所述执行。

这个新的机制可以通过将 apply_mutations_on_fly 设置为 1 来启用。

▶︎ 实时性优势

用户无需等待mutation物化。ClickHouse立即提供更新后的结果,同时使用更少的资源。此外,这使得ClickHouse用户更容易使用更新,而无需考虑如何批处理更新。

▶︎ 与SharedMergeTree的协同

从用户的角度来看,Lightweight Update的修改会立即生效,但在物化更新前,用户会体验到SELECT查询的性能稍微降低了,因为应用更新表达式会消耗一点查询时间。而随着更新在后台的合并操作中被物化,因此对查询延迟的影响会消失。SharedMergeTree表引擎对后台合并和提升mutation的吞吐量和可扩展性都有帮助,因此mutation完成得更快,Lightweight Update后的SELECT查询也更快地恢复到全。

11总结

在这篇文章中,我们探索了新的ClickHouse企业版SharedMergeTree表引擎的机制。我们解释了为什么需要引入一种新的表引擎,包含垂直和水平可扩展的计算节层,及几乎没有存储上限对象存储层的读写分离架构。SharedMergeTree可以在存储之上无缝且几乎无限地扩展计算层。插入和后台合并的吞吐量可以轻松扩展,这有助于 ClickHouse中的其他功能,如Lightweight Update和特定引擎的数据转换。

此外,SharedMergeTree 为插入提供了更好的持久性,为Select查询提供了更轻的强一致性。为新的云原生功能和改进打开了大门。我们通过基准测试展示了引擎的效率,并对由SharedMergeTree支持的,称为Lightweight Update的新功能,进行了详细的描述。

ClickHouse企业版在成本、性能、稳定性上对比开源社区版都有极大的提升,具体对比如下:

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文章转载自公众号:阿里云瑶池数据库

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已于2023-10-26 15:02:29修改
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