手把手教你用 NebulaGraph AI 全家桶跑图算法

smallmeteror
发布于 2023-8-30 11:58
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· NebulaGraph Artificial Intelligence Suite

    · ng_ai 是什么

    · ng_ai 的特点

    · 你可以这么用 ng_ai

       · 跑分布式 PageRank 算法     

       · 写回算法结果到 NebulaGraph

       · 通过 nGQL 调用算法

       · 单机运行算法

       · 可视化图算法结果

       · 更方便的 Notebook 操作 NebulaGraph

    · 未来工作

    · 试玩 ng_ai

    · ng_ai 的架构

Nebulagraph Artificial Intelligence Suite

前段时间 NebulaGraph 3.5.0 发布​🔗,@whitewum 吴老师建议我把前段时间 NebulaGraph 社区里开启的新项目 ng_ai 公开给大家。

所以,就有了这个系列文章,本文是介绍该系列的开篇之作。

ng_ai 是什么

ng_ai 的全名是:NebulaGraph AI Suite,顾名思义,它是在 NebulaGraph 之上跑算法的 Python 套件,希望能给 NebulaGraph 的用户一个自然、简洁的高级 API。简单来说,用很少的代码量就可以执行图上的算法相关的任务。

ng_ai 这个开源项目的目标是,快速迭代、公开讨论、持续演进,一句话概述便是:

Simplifying things in surprising ways

这个 ng_ai 的专属 url:https://github.com/wey-gu/nebulagraph-ai 可以帮你了解更全面的它。

ng_ai 的特点

为了让 NebulaGraph 社区的小伙伴拥有顺滑的算法体验,ng_ai 有以下特点:

  • 与 NebulaGraph 紧密结合,方便从其中读、写图数据
  • 支持多引擎、后端,目前支持 Spark(NebulaGraph Algorithm)、NetworkX,之后会支持 DGL、PyG
  • 友好、符合直觉的 API 设计
  • 与 NebulaGraph 的 UDF 无缝结合,支持从 Query 中调用 ng_ai 任务
  • 友好的自定义算法接口,方便用户自己实现算法(尚未完成)
  • 一键试玩环境(基于 Docker Extensions)

你可以这么用 ng_ai

跑分布式 PageRank 算法

可以在一个大图上,基于 nebula-algorithm 分布式地跑 PageRank 算法,像是这样:

from ng_ai import NebulaReader

# scan 模式,通过 Spark 引擎读取数据
reader = NebulaReader(engine="spark")
reader.scan(edge="follow", props="degree")
df = reader.read()

# 运行 PageRank 算法
pr_result = df.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)

写回算法结果到 NebulaGraph

假设我们要跑一个 Label Propagation 算法,然后把结果写回 NebulaGraph,我们可以这么做:

先确保结果中要写回图数据库的数据 Schema 已经创建好了,像是下面的示例,便是写到 label_propagation.cluster_id 字段里:

CREATE TAG IF NOT EXISTS label_propagation (
    cluster_id string NOT NULL
);

下面,我们来看下具体流程。执行算法:

df_result = df.algo.label_propagation()

再看一下结果的 Schema:

df_result.printSchema()

root
 |-- _id: string (nullable = false)
 |-- lpa: string (nullable = false)

参考下面的代码,把 lpa 的结果写回 NebulaGraph 中的 cluster_id 字段里({"lpa": "cluster_id"}):

from ng_ai import NebulaWriter
from ng_ai.config import NebulaGraphConfig

config = NebulaGraphConfig()
writer = NebulaWriter(
    data=df_result, sink="nebulagraph_vertex", config=config, engine="spark"
)

# 将 lpa 同 cluster_id 进行映射
properties = {"lpa": "cluster_id"}

writer.set_options(
    tag="label_propagation",
    vid_field="_id",
    properties=properties,
    batch_size=256,
    write_mode="insert",
)
# 将数据写回到 NebulaGraph
writer.write()

最后,验证一下:

USE basketballplayer;
MATCH (v:label_propagation)
RETURN id(v), v.label_propagation.cluster_id LIMIT 3;

结果:

+-------------+--------------------------------+
| id(v)       | v.label_propagation.cluster_id |
+-------------+--------------------------------+
| "player103" | "player101"                    |
| "player113" | "player129"                    |
| "player121" | "player129"                    |
+-------------+--------------------------------+

更详细的例子参考:ng_ai/examples

通过 nGQL 调用算法

自 NebulaGraph v3.5.0 开始,用户可从 nGQL 中调用自己实现的函数。而 ng_ai 也用这个能力来实现了一个自己的 ng_ai 函数,让它从 nGQL 中调用 ng_ai 的算法,例如:

-- 准备将要写入数据的 Schema
USE basketballplayer;
CREATE TAG IF NOT EXISTS pagerank(pagerank string);
:sleep 20;
-- 回调 ng_ai()
RETURN ng_ai("pagerank", ["follow"], ["degree"], "spark", {space: "basketballplayer", max_iter: 10}, {write_mode: "insert"})

更详细的例子参考:ng_ai/examples

单机运行算法

在单机、本地的环境,ng_ai 支持基于 NetworkX 运行算法。

举个例子,读取图为 ng_ai graph 对象:

from ng_ai import NebulaReader
from ng_ai.config import NebulaGraphConfig

# query 模式,通过 NebulaGraph 或是 NetworkX 引擎读取数据
config_dict = {
    "graphd_hosts": "graphd:9669",
    "user": "root",
    "password": "nebula",
    "space": "basketballplayer",
}
config = NebulaGraphConfig(**config_dict)
reader = NebulaReader(engine="nebula", config=config)
reader.query(edges=["follow", "serve"], props=[["degree"], []])
g = reader.read()

查看、画图:

g.show(10)
g.draw()

运行算法:

pr_result = g.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)

写回 NebulaGraph:

from ng_ai import NebulaWriter

writer = NebulaWriter(
    data=pr_result,
    sink="nebulagraph_vertex",
    config=config,
    engine="nebula",
)

# 待写入的属性
properties = ["pagerank"]

writer.set_options(
    tag="pagerank",
    properties=properties,
    batch_size=256,
    write_mode="insert",
)
# 将数据写回到 NebulaGraph
writer.write()

其他算法:

# 获取所有算法
g.algo.get_all_algo()

# 获取相关算法的帮助信息
help(g.algo.node2vec)

# 调用算法
g.algo.node2vec()

更详细的例子参考:ng_ai/examples

可视化图算法结果

这里演示一个 NetworkX 引擎情况下,计算 Louvain、PageRank 并可视化的例子:

先执行两个图算法:

pr_result = g.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)
louvain_result = g.algo.louvain()

再手写一个画图好看的函数:

from matplotlib.colors import ListedColormap


def draw_graph_louvain_pr(G, pr_result, louvain_result, colors=["#1984c5", "#22a7f0", "#63bff0", "#a7d5ed", "#e2e2e2", "#e1a692", "#de6e56", "#e14b31", "#c23728"]):
    # 设定节点的位置
    pos = nx.spring_layout(G)

    # 新建一个图形并设置坐标轴
    fig, ax = plt.subplots(figsize=(35, 15))
    ax.set_xlim(-1, 1)
    ax.set_ylim(-1, 1)

    # 从颜色列表中创建一个 colormap
    cmap = ListedColormap(colors)

    # 将图中的节点和边进行绘图
    node_colors = [louvain_result[node] for node in G.nodes()]
    node_sizes = [70000 * pr_result[node] for node in G.nodes()]
    nx.draw_networkx_nodes(G, pos=pos, ax=ax, node_color=node_colors, node_size=node_sizes, cmap=cmap, vmin=0, vmax=max(louvain_result.values()))

    nx.draw_networkx_edges(G, pos=pos, ax=ax, edge_color='gray', width=1, connectionstyle='arc3, rad=0.2', arrowstyle='-|>', arrows=True)

    # 提取边数据中的 label 数据作为字典
    edge_labels = nx.get_edge_attributes(G, 'label')

    # 在图中加入边的 label 数据
    for edge, label in edge_labels.items():
        ax.text((pos[edge[0]][0] + pos[edge[1]][0])/2,
                (pos[edge[0]][1] + pos[edge[1]][1])/2,
                label, fontsize=12, color='black', ha='center', va='center')

    # 在图中加入点的 label 数据
    node_labels = {n: G.nodes[n]['label'] if 'label' in G.nodes[n] else n for n in G.nodes()}
    nx.draw_networkx_labels(G, pos=pos, ax=ax, labels=node_labels, font_size=12, font_color='black')

    # 为同社区数据添加相同颜色
    sm = plt.cm.ScalarMappable(cmap=cmap, norm=plt.Normalize(vmin=0, vmax=max(louvain_result.values())))
    sm.set_array([])
    cbar = plt.colorbar(sm, ax=ax, ticks=range(max(louvain_result.values()) + 1), shrink=0.5)
    cbar.ax.set_yticklabels([f'Community {i}' for i in range(max(louvain_result.values()) + 1)])

    # 数据展示
    plt.show()

draw_graph_louvain_pr(G, pr_result=pr_result, louvain_result=louvain_result)

效果如下所示:

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更详细的例子参考:ng_ai/examples

更方便的 Notebook 操作 NebulaGraph

结合 NebulaGraph 的 Jupyter Notebook 插件: https://github.com/wey-gu/ipython-ngql,我们还可以更便捷地操作 NebulaGraph:

可通过 ng_ai 的 extras 在 Jupyter Notbook 中安装插件:

%pip install ng_ai[jupyter]
%load_ext ngql

当然,也可以单独安装插件:

%pip install ipython-ngql
%load_ext ngql

安装完成后,就可以在 Notebook 里直接使用 %ngql 命令来执行 nGQL 语句:

%ngql --address 127.0.0.1 --port 9669 --user root --password nebula
%ngql USE basketballplayer;
%ngql MATCH (v:player{name:"Tim Duncan"})-->(v2:player) RETURN v2.player.name AS Name;

注,多行的 Query 用两个百分号就好了 %%ngql

最后,我们还能在 Jupyter Notebook 里直接可视化渲染结果!只需要 %ng_draw 就可以啦!

%ngql match p=(:player)-[]->() return p LIMIT 5
%ng_draw

效果如下:

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未来工作

现在 ng_ai 还在开发中,我们还有很多工作要做:

  •  完善 Reader 模式,现在 NebulaGraph / NetworkX 的读取数据只支持 Query-Mode,还需要支持 Scan-Mode
  •  实现基于 dgl(GNN)的链路预测、节点分类等算法,例如:

model = g.algo.gnn_link_prediction()
result = model.train()
# query src, dst to be predicted

model.predict(src_vertex, dst_vertices)

  •  UDA,自定义算法
  •  快速部署工具

ng_ai 完全 build in public,欢迎社区的大家们来参与,一起来完善 ng_ai,让 NebulaGraph 上的 AI 算法更加简单、易用!

试玩 ng_ai

我们已经准备好了一键部署的 NebulaGraph + NebulaGraph Studio + ng_ai in Jupyter 的环境,只需要大家从 Docker Desktop 的 Extensions(扩展)中搜索 NebulaGraph,就可以试玩了。

  • 安装 NebulaGraph Docker 插件

在 Docker Desktop 的插件市场搜索 NebulaGraph,点击安装:

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  • 安装 ng_ai Playground

进入 NebulaGraph 插件,点击 Install NX Mode,安装 ng_ai 的 NetworkX Playground,通常要等几分钟等待安装完成。

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  • 进入 NetworkX Playground

点击 Jupyter NB NetworkX,进入 NetworkX Playground。

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ng_ai 的架构

ng_ai 的架构如下,它的核心模块有:

  • Reader:负责从 NebulaGraph 读取数据
  • Writer:负责将数据写入 NebulaGraph
  • Engine:负责适配不同运行时,例如 Spark、DGL、NetowrkX 等
  • Algo:算法模块,例如 PageRank、Louvain、GNN_Link_Predict 等

此外,为了支持 nGQL 中的调用,还有两个模块:

  • ng_ai-udf:负责将 UDF 注册到 NebulaGraph,接受 ng_ai 的 Query 调用,访问 ng_ai API
  • ng_ai-api:ng_ai 的 API 服务,接受 UDF 的调用,访问 ng_ai 核心模块

          ┌───────────────────────────────────────────────────┐
          │   Spark Cluster                                   │
          │    .─────.    .─────.    .─────.    .─────.       │
          │   ;       :  ;       :  ;       :  ;       :      │
       ┌─▶│   :       ;  :       ;  :       ;  :       ;      │
       │  │    ╲     ╱    ╲     ╱    ╲     ╱    ╲     ╱       │
       │  │     `───'      `───'      `───'      `───'        │
  Algo Spark                                                  │
    Engine└───────────────────────────────────────────────────┘
       │  ┌────────────────────────────────────────────────────┬──────────┐
       └──┤                                                    │          │
          │   NebulaGraph AI Suite(ngai)                       │ ngai-api │◀─┐
          │                                                    │          │  │
          │                                                    └──────────┤  │
          │     ┌────────┐    ┌──────┐    ┌────────┐   ┌─────┐            │  │
          │     │ Reader │    │ Algo │    │ Writer │   │ GNN │            │  │
 ┌───────▶│     └────────┘    └──────┘    └────────┘   └─────┘            │  │
 │        │          │            │            │          │               │  │
 │        │          ├────────────┴───┬────────┴─────┐    └──────┐        │  │
 │        │          ▼                ▼              ▼           ▼        │  │
 │        │   ┌─────────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────┐ ┌──────────┐  │  │
 │     ┌──┤   │ SparkEngine │ │ NebulaEngine │ │ NetworkX │ │ DGLEngine│  │  │
 │     │  │   └─────────────┘ └──────────────┘ └──────────┘ └──────────┘  │  │
 │     │  └──────────┬────────────────────────────────────────────────────┘  │
 │     │             │        Spark                                          │
 │     │             └────────Reader ────────────┐                           │
 │  Spark                   Query Mode           │                           │
 │  Reader                                       │                           │
 │Scan Mode                                      ▼                      ┌─────────┐
 │     │  ┌───────────────────────────────────────────────────┬─────────┤ ngai-udf│◀─────────────┐
 │     │  │                                                   │         └─────────┤              │
 │     │  │  NebulaGraph Graph Engine         Nebula-GraphD   │   ngai-GraphD     │              │
 │     │  ├──────────────────────────────┬────────────────────┼───────────────────┘              │
 │     │  │                              │                    │                                  │
 │     │  │  NebulaGraph Storage Engine  │                    │                                  │
 │     │  │                              │                    │                                  │
 │     └─▶│  Nebula-StorageD             │    Nebula-Metad    │                                  │
 │        │                              │                    │                                  │
 │        └──────────────────────────────┴────────────────────┘                                  │
 │                                                                                               │
 │    ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐  │
 │    │ RETURN ng_ai("pagerank", ["follow"], ["degree"], "spark", {space:"basketballplayer"}) │──┘
 │    └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
 │  ┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐
 │  │ from ng_ai import NebulaReader                              │
 │  │                                                             │
 │  │ # read data with spark engine, scan mode                    │
 │  │ reader = NebulaReader(engine="spark")                       │
 │  │ reader.scan(edge="follow", props="degree")                  │
 └──│ df = reader.read()                                          │
    │                                                             │
    │ # run pagerank algorithm                                    │
    │ pr_result = df.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)  │
    │                                                             │
    └─────────────────────────────────────────────────────────────┘  


文章转载自公众号:NebulaGraph 技术社区

已于2023-9-5 11:08:08修改
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